鸡粪是苹果生产中的重要有机肥料之一。它能够增加土壤有机质含量，改善土壤结构，提高土壤肥力水平。但由于养鸡场多使用人工饲料，使鸡粪中除含有对苹果树有用的营养元素外，同时也残留了许多抗生素、农药、盐分等有害成分，不正确使用可对果园环境能够造成不同程度的污染。
鸡粪中的营养物质 鸡粪是一种比较优质的有机肥，含有粗蛋白、粗脂肪、灰分和各种矿物质。有机质含量达25.5%，纯氮、磷、钾的含量分别约为1.63%、1.54%、0.085%。鸡粪中还含有钙、镁、铜、铁、锌等多中微量元素。通过高温堆肥发酵产生大量的腐殖质，是改良土壤和促进苹果生长的优良有机肥料。
鸡粪中的抗生素残留 养鸡业中常用的抗生素有土霉素、金霉素、维吉尼霉素、链霉素、阿维拉霉素、四环素等。调查研究发现，鸡粪中普遍含有土霉素、金霉素、四环素残留，施用禽畜粪的农田表层土壤土霉素、金霉素、四环素的残留量分别是未施用禽畜粪农田的38倍、12倍和13倍。
鸡粪中盐分残留 在饲料中添加食盐，可以增进鸡的食欲，帮助消化，增强体质，提高抗病力，因此鸡饲料中的不同程度的添加食盐。据研究鸡粪中的食盐含量为114.8g/kg，且蛋鸡大于肉鸡。
鸡粪中的火碱残留 火碱是一种强碱，能水解病原菌的蛋白质和核酸，破坏蛋白细胞细胞核的形成，从而起到杀死病毒和细菌的作用，是养殖业选用的一种较好的消毒产品。养鸡场用火碱消毒、冲洗鸡粪，使得鸡粪中残留大量火碱。
对苹果树的有益作用 一是提高土壤有机质含量，改善土壤结构，加速土壤团粒体的形成，改善土壤理化性质，增加土壤透气性，提高土壤保水、保肥能力。为苹果树的生长提供必需的大量及多种微量元素。鸡粪腐解过程中还能产生各种酚、维生素、酶、生长素等物质，能促进苹果根系生长和对养分的吸收，增强树势，提高苹果树的抗病能力，增加苹果产量，改善苹果品质。
二是在改造老果园时，用鸡粪作基肥，鸡粪中残留的抗生素可以杀灭土壤中的有害真菌、细菌等微生物，减轻苹果树重茬病的发生，促进新植苹果幼树的生长。
三是促进土壤微生物繁育，鸡粪中含有大量有机质，有利于各种土壤微生物生长繁育。
对果树不利的影响 一是鸡粪中残留的抗生素不但杀灭有害微生物，也杀灭对果树有益的微生物种群。二是鸡粪中残留的盐分，增加土壤中氯离子的含量，造成土壤次生盐渍化，使土壤板结，不利于果树生长。三是残留的火碱，能改变土壤的酸碱度，对果树根系生长不利，长期使用造成树势衰弱甚至死亡。
鸡粪必须经过高温发酵充分腐熟后才能使用 经过发酵，能产生大量的腐殖质，产生有益的微生物种群，杀死鸡粪中的有害虫卵。
鸡粪做有机肥不能连年使用 如果连年使用，鸡粪中含有盐分、火碱在土壤中积累，使土壤变得盐碱化，不利于苹果的正常生长；土壤中抗生素、有害元素都会造成积累，对土壤环境造成不一样程度的污染。另外，连年使用会使果实苦痘病发生严重，最好配合化肥和钙肥施用，建议间隔两年使用一次。
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